1、系统文件中自动关机程序的缺陷。假如我们在“开始/运行”中输入命令“rundll32 user.exe,exitwindows”看看能否正常关机。如果在这个命令下可以正常关机，表示自动关机程序可能有某种缺陷，我们应该在相应的项目中完成文件修补。如果修补文件仍然不能解决问题，只能重新安装系统。而运行“rundll32 user.exe,exitwindows”也不能正常关机，则可能是操作系统中某些系统程序有缺陷，处理办法仍然是修补系统或者重新安装系统。
2、病毒和某些有缺陷的应用程序或者系统任务有可能造成不能正常关机。首先应该查杀病毒，在关机之前关闭所有的应用程序。由于有些应用程序是系统启动时加载的，因此可在“启动—开始—运行”中输入命令：“msconfig”中逐个减去加载的程序，以便看看有无影响关机的文件(重新启动之后生效)。
3、如果设置了在关闭Windows时使用声音文件，当该文件被破坏时也可以造成不能正常关机。请在“控制面板/声音/事件”中选择“退Windows”项，把声音名称设置为“无”。
4、系统正在更新补丁，耗时过久或更新失败导致系统假死，此种情况可以在管理后台执行强制重启。
5、无法正常结束应用程序导致关机失败。当云服务器内应用程序出现异常时，正常关机时系统会先尝试结束应用程序进程，此时如果执行失败将导致无法正常关机。
6、系统文件丢失。这种情况非常普遍，多半是系统中毒引起系统文件丢失，同时会伴随着其他系统故障，这种情况建议备份数据后，重装系统，全盘扫描。
注意：如果以上导致关机操作超时，无法进行远程，可以通过云主机控制面板VNC进行登录，查看相关机器的运行状态进行操作。